Une bonne partie du parc utilisateur est sous GNU/Linux. La totalité des serveurs tournent sous de la virtualisation Xen, KVM ou docker et la quasi totalité des serveurs sont sous GNU/Linux. La totalité des machines de calcul (plus de 40 noeuds) sont aussi sous GNU/Linux avec le scheduleur libre OAR. À noter que le LEGI participe financièrement au programme LTS de Debian. L'ensemble des machines sous Debian est géré de manière uniforme avec l'outil libre CFengine. La plupart des serveurs font tourner des services libres : Apache (web et reverse proxy), Samba, OpENDAP (open-data), OpenLDAP, Sympa (liste de diffusion), RT (ticket), OCS (inventaire, déploiement)...
Une partie des commutateurs tournent aussi sous GNU/Linux (dernières générations de commutateurs DELL et NEXANS).
Au delà des classiques LibreOffice / Gimp / Inkscape... la plupart des mémoires de thèse sont rédigés sous LaTeX. À noter les outils ImageMagick et FFmpeg qui aident bien pour les traitements simples sur les photos et les vidéos.
Le LEGI développe des outils libres dans le domaines de la mécanique des fluides, principalement autour d'OpenFOAM pour la partie CFD et autour des projets FluidImage et UVmat pour les traitements d'image de type PIV. Quelques outils systèmes sont mis à disposition comme un IPAM assez simple (ddt) , un outil de cartographie des réseaux locaux (klask) et pas mal de petite briques pratiques (projet trokata).
